В университете за годы его существования сформировалось несколько научных школ.
Научная школа "Теория и практика комплексной переработки гидробионтов" была создана в 1930 г. проф. А.С. Шибаловым, впервые начавшим систематически изучать биохимические основы переработки гидробионтов с целью совершенствования старых и разработки новых технологических процессов. Его ученики и последователи, новое поколение ученых - д-р техн. наук, проф. Н.В. Долганова, д-р техн. наук, проф. С.А. Мижуева, д-р техн. наук, проф. М.Д. Мукатова и др. продолжают исследования в области биохимии, микробиологии и технологии гидробионтов с целью создания наукоемких эффективных технологических процессов. Последователи этой школы работают и за рубежом. Это преподаватели университетов Арабской Республики Египет (Каир, Александрия), Йеменской Республики (Аден) и др.
Научная школа экономических специальностей, у истоков которой стоял первый ректор АТИРПиХ проф. М.В. Морозов, создана на основе теоретических разработок в области экономики, организации и планирования предприятий рыбной отрасли. C приходом в вуз в 1970 г. д-ра экон. наук, проф. Г.А. Тактарова и созданием кафедры "Организация и планирование производства" научные исследования по экономике отрасли были конкретизированы по направлениям "Организация и управление предприятий рыбного хозяйства" и "Адаптация предприятий региональных народнохозяйственных комплексов к условиям рынка". Под руководством д-ра экон. наук, проф. В.Р. Банка исследуются проблемы становления бухгалтерского учета, аудита и экономического анализа, что особенно актуально в связи с переходом отечественной системы бухгалтерского учета на использование международных стандартов финансовой отчетности.
Становление научной школы "Гидромеханика орудий промышленного рыболовства" связано с именем проф. В.Н. Войниканиса-Мирского, разработавшего в 50-е гг. вместе с Е.Л. Вереиным методы расчета и проектирования закидных и ставных неводов. Учебники, опубликованные представителями этой научной школы, пользуются большой популярностью не только в России, но и в Болгарии, Польше, Эстонии, Латвии, Корее, на Кубе.
В 60-е гг. на кафедре "Промышленное рыболовство" сформировалась школа д-ра техн. наук, проф. В.Н. Мельникова "Биотехническое направление в рыболовстве". Круг интересов исследователей, кроме биотехнических проблем, составляют регулирование рыболовства, основы промысловой, рыбохозяйственной кибернетики, промысловой экологии, а также общая теория промышленного рыболовства, объединяющая общую теорию лова и теорию рыболовства.
Формирование школы микробиологии (начало 60-х гг.) связано с интенсивной научной работой К.В. Горбунова по проблемам, касающимся не только гидромикробиологии и технологии рыбных продуктов, но и исследований особенностей видового состава микроорганизмов техногенных экосистем, очистных сооружений, почвенной микробиологии, альгологии и биотехнологии. С 1993 г. научную школу микробиологов возглавляет ученица К.В. Горбунова д-р биол. наук, проф. И.С. Дзержинская. Под ее руководством решаются вопросы очистки сточных вод, создания биопрепаратов для рекультивации водных и почвенных техногенных экосистем, исследования круговоротов токсических веществ, экологических сукцессий, классификации отходов на техногенных территориях, мониторинга Северного Каспия в местах предполагаемого разбуривания шельфовой зоны, изучения магнитобактерий.
Научная школа кафедры холодильных машин создана на основе многочисленных работ д-ра техн. наук, проф. Б.М. Блиера и его учеников в области теории, разработки и испытаний абсорбционных термотрансформаторов и их элементов.
В последнее время под руководством д-ра техн. наук, проф. В.Г. Букина активно развивается научное направление, связанное с исследованием и применением озонобезопасных холодильных агентов.
В 60-70-е гг. на кафедре "Рыбоводство" была создана ставшая уже классической научная школа осетроводства канд. биол. наук В.В. Мильштейна, которым были разработаны основы искусственного разведения и прудового выращивания молоди осетровых, проведены первые работы по их гибридизации, в частности получению гибрида бестера.
На основе школы В.В. Мильштейна, имевшей мировое значение в области аквакультуры, в 1995 г. под руководством д-ра биол. наук, проф. С.В. Пономарева и д-ра биол. наук, проф. Л.В. Витвицкой была создана новая научная школа "Осетроводство на интенсивной основе", которая сотрудничает в этой области с партнерами из Египта, Ирана, Кореи, Франции, Японии.
Исследования кафедры "Химическая технология нефти и газа" представлены такими направлениями, как "Глубокая переработка нефти и нефтяных остатков" (д-р техн. наук, проф. А.К. Мановян, д-р техн. наук Г.В. Тараканов) и "Магнитные воздействия на жидкие системы и повышение эффективности технологических процессов" (руководитель - канд. техн. наук, доц. Н.А. Пивоварова). Последнее охватывает широкий спектр научных проблем по активации сырья процессов демеркаптанизации и висбрекинга, по улучшению аминовой очистки природного газа и четкости разделения водонефтяных эмульсий, по повышению активности катализаторов на стадии получения, по снижению накипеобразования, по интенсификации водоподготовки, по увеличению эффективности топливоиспользования.
Перспективным направлением переработки низкомолекулярных углеводородов, разрабатываемым д-ром техн. наук О.Н. Каратун, является олигомеризация и ароматизация с целью получения высокооктановых компонентов моторных топлив и концентрата ароматических углеводородов в присутствии пентасилсодержащих катализаторов.
Имя основателя научной школы "Реакции одноэлектронного переноса в органической химии" д-ра хим. наук, проф. О.Ю. Охлобыстина хорошо известно не только в России, но и за рубежом. Все исследования учеников О.Ю. Охлобыстина направлены на развитие выдвинутого им нового подхода к пониманию механизма органических реакций, основанного на представлениях об одноэлектронном переносе как первоначальной стадии большинства химических процессов. Работу О.Ю. Охлобыстина продолжает д-р хим. наук, проф., четырежды Соросовский профессор Н.Т. Берберова, под руководством которой кафедра органической, физколлоидной и биологической химии дважды выигрывала трехгодичные гранты Российского фонда фундаментальных исследований, международный грант ИНТАС, совместно с РАН участвует в выполнении программы Министерства науки в области фундаментальных исследований.
Исследования по повышению эффективности тепловых процессов кафедры теплоэнергетики и гидромеханики, которой в течение многих лет руководил д-р техн. наук, проф. А.З. Щербаков, в последние годы дополнены исследованиями по развитию новых и нетрадиционных теплоэнергетических технологий, энергосбережению под руководством д-ра техн. наук, проф., заслуж. деятеля науки РФ А.К. Ильина.
При кафедре работает Лаборатория нетрадиционной энергетики Саратовского научного центра РАН, ведущая исследования в рамках государственной программы "Энергоэффективная экономика".
